حضرت آیت الله العظمی خامنه ای، حلقه های صهیونیستی درون دولت آمریکا را طراحان اصلی اهانت به قرآن دانستند. در پی اهانت به قرآن مجید در آمریکا، حضرت آیت الله خامنه ای در پیامی به امت بزرگ اسلام، با تشریح اهداف پشت پرده کینه توزی های صهیونیست ها درباره اسلام و قرآن، همچنین تأکید کردند: دولت آمریکا برای اثبات ادعای خود مبنی بر دخالت نداشتن در این توطئه، باید عوامل اصلی این جنایت بزرگ را به گونه ای شایسته ، مجازات کند. ایشان افزودند: اهانت جنون آمیز به قرآن مجید در آمریکا در سایه ی امنیت پولیسی این کشور کاری محاسبه شده از سوی مراکزی است که از سال ها پیش ، سیاست اسلام هراسی و اسلام ستیزی را در دستور کار خود قرار داده اند. در این پیام آمده است : این حلقه ی دیگری از زنجیره ی ننگینی است که با خیانت "سلمان رشدی" مرتد آغاز شد و با حرکت کاریکاتوریست خبیث دانمارکی و ده ها فیلم ضد اسلام ساخته شده در هالیوود ادامه یافت. حضرت آیت ا... خامنه ای افزودند: مطالعه ی این روند شرارت که در این سال ها با عملیات جنایتبار در افغانستان ، عراق ، فلسطین ، لبنان و پاکستان همراه بود، تردیدی باقی نمی گذارد که طرّاحی و اتاق فرمان آن در دستان سران نظام سلطه و صهیونیست هاست که از بیشترین نفوذ بر دولت آمریکا و انگلیس و برخی دولت های اروپایی برخوردارند و اینها همان کسانی اند که پژوهش های حقیقت یاب مستقل ، روز به روز بیشتر انگشت اتهام در ماجرای حمله به برج ها در 11 سپتامبر را به سوی آنان متوجه می کنند. حضرت آیت الله العظمی خامنه ای تاکید کردند : آنچه امروز آماج حمله ی نظام استکبار جهانی است، اصل اسلام عزیز و قرآن مجید است؛ صراحتِ مستکبران در دشمنی با جمهوری اسلامی ناشی از صراحت ایران اسلامی در مقابله با استکبار و تظاهر آنان به دشمن نبودن با اسلام و دیگر مسلمانان، دروغی بزرگ است. در این پیام تاکید شده است : این سلسله ی کینه توزی ها با اسلام ناشی از آن است که نفوذ اسلام در غرب از همیشه بیشتر شده است. حضرت آیت ا... خامنه ای نزاع میان مسلمان و مسیحی را خواسته ی دشمنان دانستند و تصریح کردند: حادثه ی اخیر ربطی به کلیسا و مسیحیت ندارد و حرکات عروسکی چند کشیش ابله و مزدور را نباید به پای مسیحیان نوشت ؛ ما مسلمانان هرگز به عمل مشابهی درباره مقدسات ادیان دیگر روی نخواهیم آورد ؛ درس قرآن به ما، در نقطه ی مقابل آن قرار دارد.