کمیسیون مستقل حقوق بشر در گزارشی وضعیت زندان های کشور را نگران کننده خوانده است. به گفته مسولین این کمیسیون زندانیان به حقوق ابتدایی از جمله محل مناسب برای زندگی و خدمات صحی دسترسی ندارند. به گزارش رسانه ها در این گزارش، رفتار مسوولان زندانها نیز با زندانیان توهین آمیز و غیر انسانی خوانده شده است. این کمیسیون از وزارت عدلیه و سایر نهادهای مسول خواسته است تا به برخورد مسوولان زندانها با زندانیان و نیز برای رسیدگی به وضعیت زندانها توجه جدی کنند. در حال حاضر حدود 16 هزار نفر در زندانهای کشور محبوس هستند که از این جمله چهار هزار و 500 نفر به اتهام همکاری با گروه های دهشت افگنی بازداشت شده اند. در گزارش سال 2009میلادی که در مورد وضعیت حقوق بشر در افغانستان از سوی آمریکا تهیه و منتشر شد،آمده است که در این کشور علاوه بر 34 زندان در مراکز ولایات، 216زندان در ولسوالی ها نیز موجود است.