تنش های داخل حکومتی در سه سال گذشته، سایه سنگین بر روند مبارزه با هراس افگنی و بازسازی کشور انداخته است.
ادامه تنش میان والی پیشین بلخ و ریاست جمهوری، تنش میان ارگ و جنرال عبدالرشید دوستم، توزیع نشدن شناسنامه های برقی، نا روشن بودن سرنوشت انتخابات پارلمانی، نا رضایتی احزاب سیاسی از حکومت، تنش در روابط حکومت با پارلمان، نا هماهنگی میان حاکمان محلی با مرکز و گاهی هم نبود توافق میان ریاست اجرایی و ارگ از مهم ترین چالش های کنونی حکومت وحدت ملی به شمارمیرود.
فضل احمد معنوی، رییس پیشین کمیسیون مستقل انتخابات گفت: «با وضعیت کنونی انتخابات برگزار نمی شود و اگر انتخابات نشود بی ثباتی بیشتر خواهد شد.»
باور ها بر این است که درگیر بودن مقامات ارشد حکومت وحدت ملی به بی ثباتی افغانستان تاثیر منفی گذاشته است که از عمده ترین آنها:-
افزایش تحرکات طالبان، پیشروی داعش، دسترسی گروه های هراس افگن به منابع مالی، بلند رفتن آمار تولید مواد مخدر، افزایش مداخله کشورهای منطقه، فرار سرمایه ها، گسترش فقر و بیکاری، اوج بی اعتمادی مردم از نظام، بحران مهاجرت های داخلی و خارجی اند.
خلیل صدیق، رییس بانک مرکزی بیان کرد: «این وضعیت، شهروندان کشور را نیز به ستوه آورده است.»
از سوی هم حضور گسترده جامعه جهانی برای افغانستان یک فرصت کلان پنداشته می شود.
صدیق پتمن، عضو جبهه ملی نوین اضافه نمود: «اگر این مشکلات ها باشد و حکومت نظر واحد در برابر آنان نداشته باشد نمی توانیم از فرصت به میان آمده استفاده کنیم.»
پیش از این بانک مرکزی افغانستان نیز از کم ارزش شدن پول افغانی در برابر اسعار خارجی ابراز نگرانی کرده و ادامه تنش های سیاسی را عامل عمده عنوان کرده بود.