این بورسیه‌ها برای کسانی است که مدرک لیسانس دارند و قصد ادامه تحصیل در مقطع ماستری یا دکتری را در دانشگاه‌های جاپان دارند.

جاپان به این دسته از پذیرفته‌شدگان عنوان «دانشجوی پژوهشی» می‌دهد و هزینه تحصیل آن‌ها به‌طور کامل رایگان خواهد بود.

سفارت جاپان تاکید کرده که انتخاب نهایی صرفا بر اساس کیفیت مدارک، نتیجه آزمون کتبی و مصاحبه انجام می‌شود و هیچ‌گونه تبعیضی بر اساس مذهب، زبان، قومیت یا جنسیت اعمال نخواهد شد.

در این دوره، بنیاد آقاخان در افغانستان مسئولیت جمع‌آوری مدارک و برگزاری آزمون کتبی را بر عهده دارد، اما هیچ نقشی در مرحله نهایی انتخاب و تصمیم‌گیری ندارد.

تمامی آزمون‌ها به صورت حضوری و صرفا در شهر کابل برگزار می‌شوند و امکان شرکت از خارج افغانستان وجود ندارد.

به دلیل حجم بالای درخواست‌های مورد انتظار، فقط متقاضیانی که در مرحله بررسی اولیه مدارک پذیرفته شوند، برای آزمون کتبی دعوت خواهند شد.

این برنامه بخشی از تعهد بلندمدت دولت جاپان برای حمایت از توسعه منابع انسانی افغانستان است. جاپان حتی پس از تحولات سال 2021 نیز یکی از معدود کشورهای غربی و آسیایی بوده که همچنان بورسیه‌های تحصیلی خود را برای دانشجویان افغانستان ادامه داده و سالانه شماری دانشجو را تحت برنامه MEXT پذیرش می‌کند. این بورسیه‌ها معمولا شامل کمک‌هزینه ماهانه، بلیت رفت‌وبرگشت و بیمه درمانی نیز می‌شوند.