در پیام تسلیت حضرت آیت الله العظمی سیستانی آمده است:

با نهایت اندوه و تأسف، خبر درگذشت عالم صالح و مرجع دینی، آیت‌الله شیخ محمد اسحاق فیاض (رضوان‌الله علیه) را دریافت کردم.

آن فقید بزرگوار در دهه‌های اخیر از چهره‌های برجسته و نامدار حوزهٔ علمیهٔ نجف اشرف بود و با تلاش‌های خالصانهٔ خود در خدمت به علم و اهل علم، از راه تألیف، تدریس و دیگر فعالیت‌ها، ممتاز و شناخته‌شده بود. از این‌رو، فقدان او خسارتی سنگین و جبران‌ناپذیر است و خلأیی که از خود بر جای نهاده، گسترده و پر کردن آن جز به لطف و عنایت خداوند متعال دشوار خواهد بود.

اینجانب در حالی که این مصیبت بزرگ را به ولیّ اعظم الهی، حضرت صاحب‌الزمان (ارواحنا فداه)، حوزه‌های علمیه، خاندان این فقید سعید و عموم مؤمنان تسلیت عرض می‌کنم، از خداوند بلندمرتبه و توانا مسئلت دارم که درجات او را در بهشت‌های برین رفعت بخشد، وی را با اولیای خویش، حضرت محمد و خاندان پاک و مطهرش محشور فرماید، و به بازماندگان و دوستدارانش صبر و آرامش عطا کند.

ولا حول ولا قوة إلا بالله العلی العظیم.