ضیاءالله هاشمی، سخنگوی وزارت تحصیلات عالی طالبان روز (چهارشنبه، 25 سنبله) در پیامی، دلیل لغو جواز این دانشگاه را «عدم رعایت پالیسیهای این وزارت، توهین به ارزشهای اسلامی و استفادهی نادرست از حیثیت و جایگاه دانشگاه خوانده است».
او گفته است که شورای رهبری وزارت تحصیلات عالی این گروه تصمیم به لغو جواز دانشگاه خاتمالنبیین گرفته است.
همزمان گزارش شده که دروازههای این دانشگاه در کابل و نمایندگی آن در غزنی مسدود شده است.
این در حالی است که پیش از این، وزارت عدلیه امارت اسلامی حوزه علمیه بزرگ خاتم النبیین(ص) و همچنین تلویزیون تمدن را مسدود کرده بود.
وزارت تحصیلات طالبان نیز رئیس و معاونان جدید برای دانشگاه خاتم النبیین(ص) تعیین کرده بود.
حوزه علمیه خاتمالنبیین(ص)، دانشگاه خاتمالنبیین(ص) و تلویزیون تمدن از جمله مهمترین نهادهای دین مدار در کشور هستند که سالها در حوزه دینی و مذهبی، آموزشی، پژوهشی و فعالیتهای فرهنگی و رسانهای در افغانستان نقش موثر و برجسته داشتهاند. این مراکز از سوی جامعه شیعیان کشور ایجاد شده و در توسعه ظرفیتهای دینی مذهبی، علمی و آموزشی و همچنین فرهنگی افغانستان سهم قابل توجهی داشتهاند.