مهمترین بعد شخصیت آیت الله العظمی محسنی، بعد علمی آن به عنوان یک فقیه جامع الشرایط دارای صلاحیت فتوا و تفقه در دین بود. کنش های سیاسی و اجتماعی وی، منبعث از علم ایشان و الزامی بود که فقاهت برای شان ایجاد می کرد. او شدیدا از ناپختگی علمی مدعیان علم دین رنج می برد چون همه کشتارها و خونریزی ها و افراطیت قبلی و کنونی در کشور، ناشی از همین فهم ناچیز و ناقص از دین بوده که هرکسی خود را صاحب صلاحیت فقهی فتوا می دانست و ندانسته فتوای جنگ می داد.

در زمینه سیاسی، آیت الله محسنی سه دوره پرتاثیر کار سیاسی را پشت سر گذاشت.
دوره نخست، مبارزه با تجاوز و جهاد مسلحانه علیه شوروی ها در افغانستان بود که برای نخستین بار یک حزب منسجم و فراگیر در نقاط مختلف افغانستان را تاسیس کرد.
دوره دوم، مبارزه با فتنه جنگ های داخلی بود. او تنها رهبری بود که جنگ های داخلی را تحریم کرد و عملا کنار کشید. جهاد افغانستان اگر منتهی به جنگ داخلی نمی شد زیباترین مقطع تاریخ کشور بود. آیت الله محسنی مجاهد واقعی بود که وارد آلودگی های جنگ داخلی نشد. او حتی پیروان و فرماندهان خود در حزب حرکت اسلامی را که برخلاف وی در جنگ داخلی شرکت کردند سرزنش می کرد و با گفتار و رفتار خود از جنگ داخلی برائت جست. در زمان مقاومت هم همین رویه را در پیش گرفت.

دوره سوم، دوران مبارزه با تهاجم فرهنگی و فتنه تفرقه مذهبی بود. همه تلاش وی روی همبستگی و اخوت اسلامی متمرکز بود و این مهم را در عمل و با تاسیس شورای اخوت اسلامی و نیز در حوزه علمیه خاتم النبیین و تلویزیون تمدن نشان داد. ضمنا اگر ارشاد و زیرکی و نفوذ او نبود، ممکن بود این همه حملات هدفمند داعش بر مراکز شیعیان، موجب درگیری های فرقه ای در افغانستان می شد.

این که بگوییم آیت الله در سال های پسین از سیاست کناره گرفت، حرف دقیقی نیست. او هرجایی که احساس می کرد ارزش های مرجع دینی و ملی در خطر است جسورانه وارد سیاست می شد. این مشی و روش وی بود که دخالت روزمره در سیاست نداشته باشد اما همیشه در برابر تهدید ارزش های دینی و ملی که دو خط سرخ آیت الله بودند آرام نمی نشست.

نگاه ضرورت گرایانه به سیاست داشت و با توجه به تجربه ناموفق گروه های سیاسی دینی در افغانستان و معلول های دخالت نیروهای ناپخته دینی در سیاست، تلاش می کرد وارد جزییات کار سیاسی نشود.
به عنوان نمونه در تدوین قانون اساسی و تعیین نوع نظام سیاسی که از خطوط سرخ ارزشی ایشان بود نقش عمده گرفت اما در سایر روندهای سیاسی مداخله ای نمی کرد.