سخنرانی محمد محقق در نشست «بیداری اسلامی» سبب شده است تا اشرف‌غنی احمدزی در تلاش برکناری وی از معاونیت دوم ریاست اجراییه باشد.
روزنامۀ ماندگار چاپ کابل به نقل از «یک منبع آگاه» نوشته است که اشرف‌غنی احمدزی دوبار تاکنون قصد برکناری آقای محقق از سمت معاونیت ریاست اجراییه را داشته است که با میا‌نجی‌گری داکتر عبدالله عبدالله رییس اجراییه و سرور دانش معاون دوم ریاست جمهوری این تصمیم به تعویق افتاده است.
روزنامه می‌نویسد که آقای غنی این تصمیم را در پی سخنان محقق در ستایش از کسانی که باعث شکست دادن داعش شده است اتخاذ کرده است.
این منبع افزوده است که تصمیم آقای غنی در این زمینه هنوز جدی است و او گفته است که اقدام محقق، خیانت ملی شمرده می‌شود و گناه وی بیشتر از جنرال دوستم است. آقای غنی گذشتن از این تصمیم را مشروط به پوزش‌خواهی محمد محقق ساخته است.
اشرف‌غنی باور دارد که حضور محقق در درون نظام، امریکایی و غربی‌هایی را ناراحت می‌سازد و امریکا از وی خواسته است تا محقق را زیر فشار قرار بدهد.
ارگ پیشتر در واکنش به اظهارات محقق در اعلامیۀ شدیدالحن اظهارات محقق را مغایر با منافع ملی، حاکمیت ملی و قوانین کشور خوانده بود.