اوباما طرح افزایش اختیار ارتش درباره مظنونین تروریستی را که بر اساس آن شهروندان امریکایی از حقوق اساسی خود محروم می شوند، امضا کرده است. قانون مجوز دفاع ملی، 662 میلیارد دلار برای هزینه های ارتش امریکا، شامل افزایش حقوق نظامیان، سامانه های تسلیحاتی و تامین سرمایه جنگ افغانستان در سال 2012، تامین می کند. به استناد این قانون که در کنگره امریکا با اکثریت قابل توجهی به تصویب رسید، ارتش امریکا اختیار می­یابد تا زمانی که جنگ به اصطلاح علیه تروریسم ادامه دارد، مظنونین ترویستی را بدون محاکمه بازداشت کند. این طرح همچنین شامل قوانین و مقررات دیگری نیز می شود که گروه ها و فعالان ضمن مخالفت شدید با آن ها، می گویند این مقررات می تواند مجوزی برای بازداشت نامحدود و بازجویی از شهروندان امریکایی و دیگر افرادی شود که مظنون به ارتباط با تروریسم هستند. منتقدان همچنین می گویند، این طرح ممکن است افرادی را که مظنون قلمداد می­شوند، از حقوق قانونی که در قانون اساسی تضمین شده است، محروم کند. رئیس جمهور امریکا همزمان با امضای این طرح ضمن ابراز "نگرانی شدید" در مورد مقررات مربوط به بازداشت و بازجویی از مظنونین تروریستی گفت وی با تمام الزاماتی که در این قانون تصریح شده است، موافق نیست. اوباما درحالی که این طرح را امضا کرده است، گفت: "دولت من این قوانین را به صورتی تفسیر و اجرا خواهد کرد که طی آن انعطافی که امنیت ما به آن وابسته است و ارزش هایی که کشور ما بر اساس آن بنیان نهاده شده است، حفظ شود." وی افزود: "می خواهم روشن کنم که دولت من اجازه بازداشت نامحدود و نظامی شهروندان امریکایی را نمی دهد. در واقع، من اعتقاد دارم که انجام چنین کاری مهم ترین سنت ها و ارزش های ما را به عنوان یک ملت از بین می برد." بر پایه این گزارش، این طرح همچنین استفاده از وجوه دولتی را برای انتقال زندانیان گوانتانامو به امریکا ممنوع می کند تا بدین ترتیب دولت مجبور شود این افراد را به جای دادگاه های معمولی در دادگاه های نظامی محاکمه کند. کاخ سفید ابتدا تهدید کرده بود که این طرح قانونی را وتو می کند اما بعد از این که کنگره امریکا در آخرین لحظات تغییراتی را در آن ایجاد کرد، از تصمیم خود صرف­نظر کرد. کنت راث، مدیر اجرایی دیده بان حقوق بشر می­گوید: "باراک اوباما با امضای این طرح دفاعی، در تاریخ به عنوان رئیس جمهوری ثبت می شود که بازداشت نامحدود و بدون محاکمه را تایید کرده است."